Die Bodensee-Stiftung ist durch ihre Aktivitäten und Projekte in unterschiedlichen Handlungsfeldern regional und international anerkannt und gut vernetzt. Daraus haben sich seit der Gründung folgende aktive Kooperationen und Mitgliedschaften der Bodensee-Stiftung ergeben:
- Aktionsbündnis für gentechnikfreie Landwirtschaft in Baden-Württemberg
- Arbeitskreis Grünland des NGP Baar
- Begleitkommission Benken/Schweiz, Expertengruppe für die Schweizer Endlagerstandortsuche
- Bio Austria Vorarlberg
- Bioenergie-Regionen
- DIN Spiegelausschuss zur Erarbeitung der ISO 268
- ECOCAMPING
- ECOTRANS – Netzwerk für nachhaltige Tourismus- und Regionalentwicklung
- Europäisches Bodenbündnis ELSA
- European Partnership for Sustainability Management for Local and Regional Authorities
- Food for Biodiversity – Biodiversität in der Lebensmittelbranche e.V.
- Initiative Gentechnikfreie Bodenseeregion
- Internationales Seennetzwerk Living Lakes
- Klimaallianz Baden-Württemberg
- Kompetenzzentrum Wasser Bodensee e.V.
- „Nachhaltigkeitsmanagement für Kommunen“
- Landschaftserhaltungsverband Konstanz
- Netzwerk Blühende Landschaft
- Netzwerk Lebendige Seen Deutschland
- Netzwerk Stiftungen und Bildung im Bundesverband Deutscher Stiftungen
- Netzwerk Umwelttechnologie BSM
- Tourismus Untersee
- Tourismuspolitik in Europa
- Unternehmen Biologische Vielfalt 2020, eine Initiative des Bundesumweltministeriums, Wirtschaftsverbänden und Umweltorganisationen
- Umweltgutachter-Ausschuss
- Umweltrat Bodensee