Gemeinsam mit zahlreichen Institutionen und Personen aus Wissenschaft, landwirtschaftlicher Praxis und Zivilgesellschaft unterstützt die Bodensee-Stiftung eine strukturelle und einkommenswirksame Förderung der Erhaltung, Rückgewinnung und Steigerung des Humusgehalts landwirtschaftlich genutzter Böden. Die Kompensation von Treibhausgasemissionen anderer Sektoren durch Humusaufbau via CO2-Emissionszertifikaten lehnt die Bodensee-Stiftung hingegen ab.
Das Bündnis unterstützt ausdrücklich die Ziele des Humuserhalts und des Humusaufbaus in Böden und hat die dafür notwendigen Kriterien bereits 2020 in
einem Positionspapier formuliert. Der Generierung von CO2-Zertifikaten für die Festlegung von Kohlenstoff in Böden und dem Handel damit steht das Bündnis kritisch gegenüber.